基本步骤

全基因组选择基本步骤分为两部分：参考群的构建和候选群的选择。

一、构建参考群

参考群表型数据： 确定参考群规模，测定、收集参考群每个个体的表型数据。

参考群基因分型： 采集参考群个体样品送检，通过基因芯片技术或全基因组测序技术测定测定参考群个体SNP基因型。

估计SNP效应： 建立模型，利用参考群个体的表型数据和基因型数据估计SNP位点效应值。

二、在候选群体进行基因组选择

候选群基因分型： 采集候选群个体样品送检，通过基因芯片技术或全基因组测序技术测定候选群个体SNP基因型。

计算候选群个体GEBV： 通过建立统计模型，计算候选群个体GEBV。主要包括直接法和间接法两类，直接法利用SNP基因型数据构建个体间基因组亲缘关系矩阵（G阵），替代根据系谱信息构建的亲缘关系矩阵（A阵），求解获得基因组育种值（GEBV），如GBLUP类方法（包括一步法ssGBLUP）；间接法先在参考群中估计SNP标记效应，再根据SNP基因型和标记效应值，将所有SNP位点的效应进行累加，获得GEBV，如贝叶斯类方法和RR-BLUP。

候选群选择： 根据GEBV排名顺序，对候选群个体进行选择，待选留个体完成性能测定后，放入参考群中，不断扩大参考群规模，提高估计的准确性。