遗传评估的实质就是估计种畜个体的育种值。目前使用较多的育种值估计方法有两种，一种是基于系谱构建个体间亲缘关系矩阵，计算估计育种值（EBV）的方法，即BLUP法（最佳线性无偏预测），另一种是基于SNP基因型数据构建个体间基因组亲缘关系矩阵，计算基因组估计育种值（GEBV），即GBLUP法（基因组最佳线性无偏预测）。

BLUP

基于动物模型，Henserson提出了BLUP方法，其模型为

       其中，y为观察值向量；X为固定效应关联矩阵；b为固定效应向量；Z为育种值关联矩阵；u~N(0，Aσ_u^2)，为育种值向量，A为利用系谱构建的亲缘关系矩阵，σ_u^2为加性遗传方差；e为残差向量。模型中固定效应的估计值和随机效应的预测值（EBV）可通过求解混合模型方程组来获得，即